Rozdíl mezi srážkovou a zálohovou daní je klíčovým aspektem danění příjmů. Srážková daň je uplatňována na určité druhy příjmů, které jsou zdaněny konečnou sazbou přímo v okamžiku jejich výplaty. Tento druh příjmu není následně zahrnut do celkového daňového základu poplatníka a nemusí se uvádět v daňovém přiznání po skončení daného zdaňovacího období. Na druhé straně zálohová daň představuje předběžnou platbu na daň, která se počítá z příjmů, jež jsou součástí celkového daňového základu poplatníka. Tyto příjmy jsou sčítány s ostatními příjmy a na konci zdaňovacího období se provádí konečné vyúčtování daně.
Někdy může být výhodnější srážková daň a jindy zálohová
V některých případech může být pro poplatníka výhodnější využití srážkové daně, zejména pokud má jiný hlavní zdroj příjmu, kde již využil své daňové slevy. Další příjmy, které splňují podmínky pro srážkovou daň, tak nevedou k zvýšení daňové sazby z celkového příjmu. Typickým příkladem je zaměstnanec s hlavním pracovním poměrem, který si přivydělává například na dohodu o provedení práce.
Naopak, pokud poplatník nemá jiný příjem, může být pro něj srážková daň nevýhodná, protože mu neumožňuje uplatnit daňové slevy, které by měl k dispozici při podpisu prohlášení k dani.
Pokud zaměstnanec nepodepíše prohlášení k dani a jeho příjmy z pracovního poměru nepřesáhnou 10 000 Kč hrubého měsíčně, zaměstnavatel odvede srážkovou daň jako konečnou. Tato hranice se posuzuje před započítáním sociálního a zdravotního pojištění do základu daně.
Když je podepsáno prohlášení poplatníka k dani, tak se používá jedině daň zálohová
V případě, že zaměstnanec prohlášení k dani podepíše, jeho mzda bude zdaněna zálohovou daní bez ohledu na její výši, a zaměstnavatel nemůže v tomto případě aplikovat srážkovou daň. Při více pracovních poměrech si zaměstnanec volí, u kterého zaměstnavatele prohlášení k dani podepíše, avšak musí si být vědom, že pro stejné období nemůže být prohlášení k dani podepsáno u více zaměstnavatelů současně.