Nárok na odpočet DPH má samozřejmě také zákonem stanoveny lhůty od kdy do kdy je možné tuto výhodu použít. Právo na odpočet daně je možné využít poprvé v daném daňovém období, kdy byly splněny všechny potřebné podmínky. Současně je nezbytné toto právo uplatnit nejpozdněji do tří let od dokončení dané transakce.
Pokud jde o nově registrované subjekty povinné k dani, ty mají možnost uplatnit odpočet daně dokonce z transakcí za předchozích 12 měsíců, za předpokladu, že prokáží příslušnými daňovými doklady, že splňují nárok na odpočet a další nutné podmínky stanovené zákonem. Klíčovou podmínkou je, že předmět dané transakce zůstává v době registrace v jejich vlastnictví. V takovém případě je nutné uplatnit právo na odpočet daně v měsíci, kdy se subjekt stal plátcem DPH, tedy v rámci prvního daňového přiznání.